Für die Auswertung muss man die Komponenten der Probe auf der Platte lokalisieren. 

• Im einfachsten Fall machen sie sich durch ihre Eigenfärbung bemerkbar. 
• Farblosen Substanzen können manchmal fluoreszieren, man legt die Platte also unter eine UV-Lampe mit passender Wellenlänge (254 nm oder 366 nm).
• Andere farblose Substanzen können zwar nicht selbst fluoreszieren, absorbieren aber das UV-Licht. Ist die Schicht dann mit einem Fluoreszenzindikator versehen, so stellt man unter der UV-Lampe eine Fluoreszenzlöschung fest.
• Kommt man mit diesen zerstörungsfreien Tests nicht weiter, so muss man zu Färbereagenzien greifen. Aus dem großen Katalog der möglichen Reagenzien seien hier nur einige genannt:
  • Iod-Dämpfe als universelles Färbemittel, wird von vielen Substanzen absorbiert (braune Flecken)
  • Kaliumpermanganat/Schwefelsäure, ebenfalls universell einsetzbar, die Substanzen reduzieren das rosa Permangant zu farblosen Stoffen
  • Antimonchlorid erzeugt oft fluoreszierende oder gefärbte Produkte
  • Dragendorff-Reagenz (Bismutnitrat/Weinsäure/Kaliumiodid) färbt Alkaloide an
  • Eisen(III)chlorid färbt Phenole grün-blau
  • Ninhydrin bildet mit Aminen, Aminosäuren und Peptide rötliche Flecken

  Meist werden diese Reagenzien als Lösungen verwendet, mit denen die getrockneten Platten besprüht werden, gelegentlich werden sie auch ganz eingetaucht. Für beide Techniken gibt es passende Geräte. Zur Ausbildung der Färbung ist oft noch eine anschließende Wärmebehandlung nötig.

• Wenn man an genaueren Informationen über eine der getrennten Komponenten interessiert ist, kann man den betreffenden Fleck ausschneiden, die Substanz wieder auflösen und dann weiter untersuchen. Sehr elegant - aber auch aufwendig - sind massenspektroskopische Methoden, mit denen man direkt von der Trennplatte die Probe verdampft, zersetzt und dann die Masse der verschiedenen  entstehenden Fragmente untersucht. Aus dem Massenspektrum kann man oft wertvolle Hinweise auf die Struktur der Substanz ableiten.

Sind die einzelnen Komponenten lokalisiert, geht es weiter mit der Auswertung der Chromatogramme.

Fehlerquellen bei der DC