Jede Abweichung von den vorgesehenen Bedingungen kann das Ergebnis einer chromatographischen Trennung verändern.
Die folgende Liste nennt eine Reihe von Möglichkeiten:

• stationäre Phase
• Herstellungsprozess der stationären Phase
• Korngröße und Korngrößenverteilung der Beschichtung
• Aktivität der stationären Phase
• relative Feuchte
• pH-Wert der Schicht
• Bindemittel der stationären Phase
• katalytische Zersetzung empfindlicher Probenkomponenten durch die stationäre Phase
• Qualitätsschwankungen der Beschichtung
• Schichtdicke der stationären Phase
• Schwankungen der Schichtdicke
• Vorbeladung mit Fließmittelgemisch
• mobile Phase
• pH-Wert des Fließmittels
• Verunreinigungen im Fließmittel
• Volumen der Probe
• Größe und Form des Startflecks
• Lösungsmittel der Probe 
• Art der Entwicklung
• Kammertyp
• Trennstrecke
• Sättigung von Kammer und Schicht mit Fließmitteldämpfen
• Abstand zwischen Startzone und Fließmittelniveau in der Kammer
• Entmischung des Fließmittels (z.B. durch Verdampfung)
• Fließgeschwindigkeit der mobilen Phase
• Konvektion von Fließmitteldämpfen in der Kammer
• Temperatur

Flüssigkeits-SC