Abmessungen: Analytische HPLC-Säulen sind zwischen 50 und 250 mm lang und haben einen Innendurchmesser von 4 mm oder weniger (Microbore-Säulen). Es gibt einige unterschiedliche Anschluss-Systeme, die man beim Austausch beachten muss.  

Die Packung der Säule besteht aus etwa 2 bis 10 µm großen Körnern, wobei jeweils auf eine geringe Breite der Korngrößenverteilung geachtet wird. Die Hersteller unterscheiden zwischen unregelmäßig geformten, gemahlenen Körnern und solchen, die gleich in kugeliger Gestalt hergestellt werden. Poröse Körner - mit unterschiedlichen Porendurchmessern (etwa 10 nm) - haben eine große innere Oberfläche (hohe Kapazität), während bei dichten Körnern die Diffusionswege kurz sind (schnelle Trennungen). 

Das wichtigste zum Material der Körner wurde bei der Dünnschichtchromatographie gesagt, deshalb folgt hier nur eine kurze Aufzählung mit einigen Ergänzungen. Am häufigsten werden (modifizierte) Kieselgele eingesetzt.

• unmodifiziertes Kieselgel
• Octadecyl-modifiziertes Kieselgel (RP-18 Phasen) werden gern zusammen mit Acetonitril/Wasser-Gemischen eingesetzt. Gegen die Tendenz der C18-Reste, sich in wässriger Umgebung auf die Oberfläche des Kieselgels zu legen und so die Säulenqualität dramatisch zu verschlechtern haben sich die Hersteller diverse Tricks einfallen lassen.
• mit kürzeren Alkyl-Gruppen modifizierte Kieselgele (Dodecyl=C12, Octyl=C8, Hexyl=C6, Pentyl=C5, Butyl=C4, Propyl=C3, Methy=C1)
• Dimethyl-modifiziertes Kieselgel (C2)
• Phenyl-modifiziertes Kieselgel (Ph)
• Phenyl-Ether-modifiziertes Kieselgel
• Cyano-modifiziertes Kieselgel (CN)
• Nitrophenol-modifiziertes Kieselgel (NO2)
• Diol-modifiziertes Kieselgel (Diol)
• Amino-modifiziertes Kieselgel (NH2)
• Dimethylamino-modifiziertes Kieselgel
• Diethylaminoethyl-modifiziertes Kieselgel (WAX), ein schwacher Anionenaustauscher
• Carboxymethyl-modifiziertes Kieselgel (WCX), ein schwacher Kationenaustauscher
• Sulfonsäure-modifiziertes Kieselgel (SAX), ein starker Anionenaustauscher
• Quaternär Ammonium-modifiziertes Kieselgel (SCX), ein starker Kationenaustauscher
• durch spezielle Imprägnierungen modifizierte Säulen

Ein nicht ganz so umfangreiches Programm von Säulen- insbesondere zur Probenvorbereitung - wird auch auf einer Polymerbasis angeboten. Weiter gibt es Säulen mit folgenden Packungen:

• Aluminiumoxid
• Cellulose in verschiedenen Formen
• Polyamid
• Florisil (einem Magnesiumsilikat)
• Hydroxyapatit, aus dem auch Zähne und Knochen bestehen, für biochemische Trennungen,
• verschiedene modifizierte Polystyrole für die Gel-Chromatographie und
• Zirkoniumdioxid, das wie Kieselgel modifiziert werden kann und besonders temperatur- und pH-stabil ist.

Ein Hersteller bietet an, ähnlich wie bei den mobilen Phasen auch die stationären Phasen für ein spezielles Trennproblem optimiert zu mischen.

Kurze Vorsäulen werden vor der eigentlichen Trennsäule montiert. Sie können, müssen aber nicht aus dem gleichen Material wie die Trennsäule bestehen. Verschlechterungen der Säule, die meist am Anfang einsetzen, werden von der Vorsäule aufgenommen, die leicht und günstig ausgewechselt werden kann. Verdichtung der Packung durch eine schlechte Pumpendämpfung, ungelöste Partikel in der Probe und die langsame Auflösung des Säulenmaterials können Ursachen eines solchen Qualitätsverlustes sein.

Bei empfindlichen Trennungen setzt man einen Säulenthermostaten ein, der für eine konstante Temperatur bei der Trennung sorgt und so die Reproduzierbarkeit verbessert.

In manchen Fällen, besonders bei automatisierten Systemen, lohnt es sich, mehrere, u.U. verschiedene Säulen parallel oder in Reihe zu schalten.

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