Von jedem untersuchten Material (Proben und Standards) liefert der Integrator einen Analysenbericht. Das weitere Vorgehen richtet sich nach dem vorliegenden Einzelfall:

• Der einfachste Fall liegt vor, wenn die zur Trennung eingesetzte Probenmenge genau bekannt ist - wie meistens bei der Flüssigkeitschromatographie. Dann erfolgt eine Auswertung nur mit Standard.
• In der Gaschromatographie kann man die eingesetzte Menge nicht exakt reproduzieren. Dann ist immer noch eine vollständige Analyse möglich.
• In Gemischen mit vielen Komponenten wird eine vollständige Analyse nicht wirtschaftlich sein, wenn nur wenige davon interessieren. Dann kann man mit einem internen Standard arbeiten.

In jedem Fall benötigt man (ausser den Untersuchungen zur Peakidentifizierung) mindestens  ein Chromatogramm der Probe und eines einer Standardlösung mit genau bekannten Konzentrationen der gesuchten Stoffe.

Auswertung mit Standard

Die Auswertung erfolgt für jede Substanz getrennt mit Hilfe folgender Formel:

Dabei müssen die absoluten Peakflächen A verwendet werden, um die Massenkonzentration r^* zu erhalten. Es kann übrigens genau so gut mit der Stoffmengenkonzentration gearbeitet werden.

Vollständige Analyse

Zur vollständigen Analyse wird mit den relativen Flächenanteilen A% und dem Massenanteil w gearbeitet. Zunächst wird - analog der Auswertung mit Standard - ein vorläufiger Massenanteil w'  in der Probe bestimmt:

Zählt man dann die erhaltenen w'-Werte zusammen, so erhält man in der Regel nicht genau 100%. Aus diesem Grund werden die endgültigen Ergebnisse w durch einen so genannten 100%-Ausgleich erhalten:

Auswertung mit internem Standard

Wenn nicht alle Komponenten einer Mischung analysiert werden können oder müssen, aber nicht von einer immer gleichen Probenmenge in den einzelnen Durchläufen ausgegangen werden kann, dann muss mit einem internen Standard gearbeitet werden. 

Dazu setzt man sowohl seinem Analysengemisch als auch der Standardlösung eine weitere Substanz zu, die in beiden vorher nicht enthalten war und die von den übrigen Komponenten gut getrennt werden kann. Die Konzentration dieses internen Standards muss in beiden Lösungen genau bekannt (oder exakt gleich) sein. 

Mit Hilfe des internen Standards können dann unterschiedliche untersuchte Probenmengen festgestellt und bei der Auswertung berücksichtigt werden:

Hier wurde mit der Massenkonzentration gearbeitet, die Gleichungen können aber genau so gut für den Massenanteil oder die Stoffmengenkonzentration aufgestellt werden. Ggf. muss man auch noch die Verdünnung der Probe durch den Zusatz eines internen Standards  in der Rechnung berücksichtigen.

Auswertung mit Responsefaktoren

Für Reihenuntersuchungen kann man sich etwas Rechnung ersparen, wenn man Faktoren, die konstant bleiben, in einem so genannten Responsefaktor zusammenfasst, hier am einfachsten Beispiel demonstriert:

Dünnschichtchromatographie